פרופ' אמציה גנין הוא פעיל סביבתי במאבק להצלת מפרץ אילת. הוא היה שותף מרכזי במאבק הסביבתי שהביא להוצאת כלובי הדגים מהמפרץ והקים וניהל את התוכנית הלאומית לניטור האזור, עד פרישתו. כמו כן, הוא מייעץ לגורמי התכנון והניהול של סביבת המפרץ וחופיו, ואת פעילותו הסביבתית שזר גם בעבודתו האקדמית בכך שרבים ממחקריו התמקדו בנושאים סביבתיים.
"בראש ובראשונה, מטרת פעילותי היא העמקת הידע על התהליכים המרכזיים שקובעים את תפקודם האקולוגי של שונית האלמוגים ושל המים הפתוחים במפרץ אילת", אומר גנין. "בהסתמך על ידע זה, פעלתי ואני ממשיך לפעול לצמצום הנזקים שפעילות האדם גורמת למערכות אקולוגיות אלו".